Desenvolupament de software bioinformàtic i programació en Perl

Els workshops de programació en Perl són una introducció a les bases de la programació en general i a la programació en Perl per a aplicacions en el camp de la Bioinformàtica. Els workshops no requereixen de coneixements previs en cap llenguatge de programació. S'animarà a què ens explique-ho els vostres requeriments en aquest camp perquè s'intenti resoldre les vostres necessitats específiques. La duració recomenada és d'entre 15 i 20 hores.

PROGRAMA RECOMENAT:

  • Programació en Perl per a la resolució de problemes Bioinformàtics
    • Breu introducció a la Bioinformàtica
    • El problema de la integració de dades
    • Fonts de dades externes
    • Bases de dades locals
    • Screen scraping vs. Web services i formats estandaritzats
    • Per què Perl?
  • Estratègies de programació
  • Exemple a desenvolupar: sistema local de gestió de la informació biològica
  • El llenguatge Perl
    • Característiques
    • Eines per programar
    • Instal·lació
  • Tipus de variables en Perl
    • Variables escalars i operacions amb escalars
    • Matrius (arrays) i operacions amb matrius
    • Matrius associatives (hashes)
  • Seqüències i cadenes
    • Entrada i sortida del programa
    • Comandaments i operacions bàsiques
    • Lectura i escriptura d'arxius
  • Control de fluxe
    • Instruccions condicionals
    • Operadors
    • Bucles
  • Expressions regulars i pattern matching
    • Cerca de patrons (pattern matching)
    • Meta-caràcters
    • Extracció de patrons
    • Substitució de cadenes
  • Subrutines i mòduls
    • Subrutines
    • Mòduls (packages)
    • Referències a variables: què són i com s'utilitzen?
  • Interacció amb el sistema: execució de programes locals
  • Mòduls per Internet, Bases de dades i BioPerl
    • Mòduls de Perl: què són, on trobar-los i com instal·lar-los?
    • LWP: accés a URLs
    • DBI: connexio amb bases de dades
    • BioPerl: exemples de conversió de formats, estadístiques bàsiques, accés a bases de dades moleculars, lectura d'arxius PDB, execució remota i local de Blast i Clustal
  • Com seguir avançant
  • Aplicació de l'exemple integrador i resolució de problemes específics de cada alumne
Campus d'excel·lència internacional U A B