Els workshops de programació en Perl són una introducció a les bases de la programació en general i a la programació en Perl per a aplicacions en el camp de la Bioinformàtica. Els workshops no requereixen de coneixements previs en cap llenguatge de programació. S'animarà a què ens explique-ho els vostres requeriments en aquest camp perquè s'intenti resoldre les vostres necessitats específiques. La duració recomenada és d'entre 15 i 20 hores.
PROGRAMA RECOMENAT:
- Programació en Perl per a la resolució de problemes Bioinformàtics
- Breu introducció a la Bioinformàtica
- El problema de la integració de dades
- Fonts de dades externes
- Bases de dades locals
- Screen scraping vs. Web services i formats estandaritzats
- Per què Perl?
- Estratègies de programació
- Exemple a desenvolupar: sistema local de gestió de la informació biològica
- El llenguatge Perl
- Característiques
- Eines per programar
- Instal·lació
- Tipus de variables en Perl
- Variables escalars i operacions amb escalars
- Matrius (arrays) i operacions amb matrius
- Matrius associatives (hashes)
- Seqüències i cadenes
- Entrada i sortida del programa
- Comandaments i operacions bàsiques
- Lectura i escriptura d'arxius
- Control de fluxe
- Instruccions condicionals
- Operadors
- Bucles
- Expressions regulars i pattern matching
- Cerca de patrons (pattern matching)
- Meta-caràcters
- Extracció de patrons
- Substitució de cadenes
- Subrutines i mòduls
- Subrutines
- Mòduls (packages)
- Referències a variables: què són i com s'utilitzen?
- Interacció amb el sistema: execució de programes locals
- Mòduls per Internet, Bases de dades i BioPerl
- Mòduls de Perl: què són, on trobar-los i com instal·lar-los?
- LWP: accés a URLs
- DBI: connexio amb bases de dades
- BioPerl: exemples de conversió de formats, estadístiques bàsiques, accés a bases de dades moleculars, lectura d'arxius PDB, execució remota i local de Blast i Clustal
- Com seguir avançant
- Aplicació de l'exemple integrador i resolució de problemes específics de cada alumne
