Microarrays

Fabricació i anàlisi de Microarrays

• Tecnologia basada en la hibridació del DNA que ens permet analitzar un genoma sencer en un sol experiment.
  Metodologia tradicional       Un gen = Un experiment
  Nova tecnologia               Un genoma = Un experiment
• Centenars o milers de molècules de DNA, normalment  de seqüència coneguda, ordenades sobre un suport sòlid.
• Les dimensions de les gotes de DNA han de ser reduides, com a màxim de 200 micres.
  Noms: biochip, DNAchip, gen array, gen chip, genoma chip.

• Procés

1) Creació del microarray amb el DNA sonda per un robot
2) Hibridació amb el DNA target marcat amb fluorescència
3) Lectura amb un scanner
4) Interpretació de les dades

EQUIP

ACTIVITAT

CONDICIONS

MicroGrid II (BioRobotics)

Generació de Microarrays a petició de l'usuari

Dur a terme la impressió de fins a 100 xips alhora.
Manipular automàticament fins a 24 plaques multipouet (>9000 mostres)
Generar Microarrays amb més de 30000 gens.

Generació de Microarrays contenint el genoma del llevat S. Cerevisiae

El Servei genera de manera rutinària microxips que contenen el genoma complert del llevat S. cerevisiae, en forma de fragments de DNA de doble cadena, sobre suport amino-derivatitzat (UltraGaps, Corning).

TERMOCICLADOR, PCR
LabChip 2100 BioAnalyzer (Agilent Technologies).

Síntesi i marcatge de cDNAs

El Servei pot dur a terme les reaccions de síntesi i marcatge de cDNA's a partir de mostres d'RNA proveïdes per l'usuari.
S’ inclou l'avaluació de la concentració i la qualitat de l'RNA

NANODROP

Control de Qualitat de l'RNA

Control de la concentració i la qualitat de l'RNA

ArrayBooster (Advalytix).

Hibridació de micrarrays

Proveïts per l'usuari (grandària del portaobjectes estàndard)

ScanArray 4000 i ScanArray  Gx Plus (Perkin Elmer)

Lectura de microarrays

Mitjançant un scanner dotat de dos làsers, i un software específic per la captació de dades (ScanArray)

(QuantArray
ScanExpress
GenePix)

Generació de dades

S'ofereix la possibilitat de generar les dades des de dues plataformes diferents (QuantArray/ScanExpress i GenePix). El resultats consisteixen en una fulla Excel amb les dades generades mes el arxius gràfics corresponents a la captura de les imatges.