Seqüenciació massiva

Seqüenciació massiva

• L'SGB disposa del MiSeq d'Illumina per a dur a terme experiments de seqüencicació massiva. Aquesta tecnologia es basa en la seqüenciació per síntesi (en anglès sequencing by synthesis) de la mostra.
• El MiSeq permet fer lectures de 50, 150, 250 i properament de fins a 300 pb. Pot produir fins a 30 milions de lectures en pair-end (llegir les dues cadenes del DNA), generant fins a 7 giga bases de seqüència.
• Els kits associats al MiSeq permeten seqüenciar de novo o reseqüenciar genomes petits, RNA i small RNA, metagenòmica mitjançant seqüenciació de 16S i ChIP-Seq, entre d'altres. En tots els casos, cal la preparació d'una llibreria de la mostra, procés en el qual s'incorporen adaptadors als fragments de la llibreria per a poder seqüenciar-los.

EQUIP

MiSeq

KIT

Depenen de la mostra a seqüenciar

MOSTRES

Fins a 96 mostres/run. Es poden barrejar mostres de diferents espècies i que s'hagi preparat la llibreria mitjançant diferents aplicacions (p.e., de novo, small RNA i metagenòmica de 16S), sempre que la la llargada de la lectura sigui la mateixa.

CAPACITAT

Fins a 96 mostres seqüenciant 250 (properament 300) bases de cada cadena per cadascun dels fragments de la llibreria de cada mostra. Això permet obtenir fins a 30 milions de lectures i generar 7 Gb de seqüència.

RESULTATS

 Cal recollir-los a l'SGB amb un llapis de memòria

ACTIVITAT

CONDICIONS

Preparació de la llibreria

Cal dur el material a seqüenciar disolt en aigua i en un tub eppendorf d'1.5 ml

Càrrega de la llibreria d'una mostra al cartridge

Consultar amb l' SGB.

Seqüenciar duent un cartridge propi

Consultar amb l'SGB.