Los workshops de programación en Perl son una introducción a las bases de la programación en general y a la programación en Perl para aplicaciones en el campo de la Bioinformàtica. Los workshops no requieren de conocimientos previos en ningún lenguaje de programación. Se animarà a que nos expliqueis vuestros requerimientos en este campo para intentar resolver vuestras necesidades específicas. La duración recomendada es de entre 15 i 20 horas.
PROGRAMA RECOMENDADO:
- Programación en Perl para la resolución de problemas Bioinformáticos
- Breve introducción a la Bioinformática
- El problema de la integración de datos
- Fuentes de datos externos
- Bases de datos locales
- Screen scraping vs. Web services y formatos estandarizados
- Por qué Perl?
- Estrategias de programación
- Ejemplo a desarrollar: sistema local de gestión de la información biológica
- El lenguaje Perl
- Características
- Herramientas para programar
- Instalación
- Tipos de variables en Perl
- Variables escalares y operaciones con escalares
- Matrices (arrays) y operaciones con matrices
- Matrices asociativas (hashes)
- Secuencias y cadenas
- Entrada y salida del programa
- Comandos y operaciones básicas
- Lectura y escritura de arxivos
- Control de flujo
- Instrucciones condicionales
- Operadores
- Bucles
- Expresiones regulares y pattern matching
- Busca de patrones (pattern matching)
- Meta-caracteres
- Extracción de patrones
- Substitución de cadenas
- Subrutinas y módulos
- Subrutinas
- Módulos (packages)
- Referencias a variables: qué son y com se utilizan?
- Interacción con el sistema: ejecución de programas locales
- Módulos para Internet, Bases de datos y BioPerl
- Módulos de Perl: qué son, donde encontrarlos y com instalarlos?
- LWP: acceso a URLs
- DBI: connexión con bases de datos
- BioPerl: ejemplos de conversión de formatos, estadísticas básicas, acceso a bases de datos moleculares, lectura de arxivos PDB, ejecución remota y local de Blast y Clustal
- Como seguir avanzando
- Aplicación del ejemplo integrador y resolución de problemas específicos de cada alumno
