Desarrollo de software bioinformático y programación en Perl

Los workshops de programación en Perl son una introducción a las bases de la programación en general y a la programación en Perl para aplicaciones en el campo de la Bioinformàtica. Los workshops no requieren de conocimientos previos en ningún lenguaje de programación. Se animarà a que nos expliqueis vuestros requerimientos en este campo para intentar resolver vuestras necesidades específicas. La duración recomendada es de entre 15 i 20 horas.

PROGRAMA RECOMENDADO:

  • Programación en Perl para la resolución de problemas Bioinformáticos
    • Breve introducción a la Bioinformática
    • El problema de la integración de datos
    • Fuentes de datos externos
    • Bases de datos locales
    • Screen scraping vs. Web services y formatos estandarizados
    • Por qué Perl?
  • Estrategias de programación
  • Ejemplo a desarrollar: sistema local de gestión de la información biológica
  • El lenguaje Perl
    • Características
    • Herramientas para programar
    • Instalación
  • Tipos de variables en Perl
    • Variables escalares y operaciones con escalares
    • Matrices (arrays) y operaciones con matrices
    • Matrices asociativas (hashes)
  • Secuencias y cadenas
    • Entrada y salida del programa
    • Comandos y operaciones básicas
    • Lectura y escritura de arxivos
  • Control de flujo
    • Instrucciones condicionales
    • Operadores
    • Bucles
  • Expresiones regulares y pattern matching
    • Busca de patrones (pattern matching)
    • Meta-caracteres
    • Extracción de patrones
    • Substitución de cadenas
  • Subrutinas y módulos
    • Subrutinas
    • Módulos (packages)
    • Referencias a variables: qué son y com se utilizan?
  • Interacción con el sistema: ejecución de programas locales
  • Módulos para Internet, Bases de datos y BioPerl
    • Módulos de Perl: qué son, donde encontrarlos y com instalarlos?
    • LWP: acceso a URLs
    • DBI: connexión con bases de datos
    • BioPerl: ejemplos de conversión de formatos, estadísticas básicas, acceso a bases de datos moleculares, lectura de arxivos PDB, ejecución remota y local de Blast y Clustal
  • Como seguir avanzando
  • Aplicación del ejemplo integrador y resolución de problemas específicos de cada alumno
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