Microarrays | Servei de Genòmica

Fabricación y análisis de Microarrays
Tecnología basada en la hibridación del DNA que nos permite analizar un genoma entero en un solo experimento. Metodología tradicional Un gen = Un experimento Nueva tecnología Un genoma = Un experimento Centenas o miles de moléculas de DNA, normalmente de secuencia conocida, ordenadas sobre un soporte sólido. Las dimensiones de las gotas de DNA han de ser reducidas, como máximo de 200 micras. Nombres: biochip, DNAchip, gen array, gen chip, genoma chip. Proceso 1) Creación del microarray con el DNA sonda por un robot 2) Hibridación con el DNA target marcado con fluorescencia 3) Lectura en un scanner 4) Interpretación de los datos
EQUIPO	ACTIVIDAD	CONDICIONES
Microgrid II (BioRobotics)	Generación de Microarrays a petición del usuario	Capacidad de impresión de hasta 100 chips simultáneamente. Manipula automáticamente hasta 24 placas de 384 (>9000 muestras) Genera Microarrays con mas de 30000 genes.
	Generación de Microarrays conteniendo el genoma de la levadura S. Cerevisiae	El Servei genera de manera rutinaria microarrays que contienen el genoma completo de la levadura S. cerevisiae, en forma de fragmentos de DNA de doble cadena, sobre soporte amino-derivatizado (UltraGaps, Corning).
TERMOCICLADOR, PCR LabChip 2100 BioAnalyzer (Agilent Technologies).	Síntesis y marcaje de cDNAs	El Servei realiza reacciones de síntesis y marcaje de cDNAs a partir de muestres de RNA total proporcionadas por el usuario. Se incluye la evaluación de la concentración y la calidad del RNA
NANODROP	Control de Calidad del RNA	Control de la concentración y la calidad del RNA
ArrayBooster (Advalytix).	Hibridación de micrarrays	Proporcionados por el usuario (tamaño de portaobjectos estándar)
ScanArray 4000 y ScanArray Gx Plus (Perkin Elmer)	Lectura de microarrays	Mediante un scanner dotado de dos láseres, y un software específico para la captación de datos (ScanArray)
(QuantArray ScanExpress GenePix)	Generación de datos	Se ofrece la posibilidad de generar los datos desde dos plataformas diferentes (QuantArray/ScanExpress i GenePix). El resultado consiste en una hoja Excel con los datos generados más los archivos gráficos correspondientes a la captura de las imágenes.