Microarrays

Fabricación y análisis de Microarrays

  • Tecnología basada en la hibridación del DNA que nos permite analizar un genoma entero en un solo experimento.
    Metodología tradicional       Un gen = Un experimento
    Nueva tecnología               Un genoma = Un experimento
  • Centenas o miles de moléculas de DNA, normalmente  de secuencia conocida, ordenadas sobre un soporte sólido.
  • Las dimensiones de las gotas de DNA han de ser reducidas, como máximo de 200 micras.
    Nombres: biochip, DNAchip, gen array, gen chip, genoma chip.
  • Proceso

1) Creación del microarray con el DNA sonda por un robot
2) Hibridación con el DNA target marcado con fluorescencia
3) Lectura en un scanner
4) Interpretación de los datos

EQUIPO

ACTIVIDAD

CONDICIONES

Microgrid II (BioRobotics)

Generación de Microarrays a petición del usuario

Capacidad de impresión de hasta 100 chips simultáneamente.
Manipula automáticamente hasta 24 placas de 384 (>9000 muestras)
Genera Microarrays con mas de 30000 genes.

 

Generación de Microarrays conteniendo el genoma de la levadura S. Cerevisiae

El Servei genera de manera rutinaria microarrays que contienen el genoma completo de la levadura S. cerevisiae, en forma de fragmentos de DNA de doble cadena, sobre soporte amino-derivatizado (UltraGaps, Corning).

TERMOCICLADOR, PCR
LabChip 2100 BioAnalyzer (Agilent Technologies).

Síntesis y marcaje de cDNAs

El Servei realiza reacciones de síntesis y marcaje de cDNAs a partir de muestres de RNA total proporcionadas por el usuario.
Se incluye la evaluación de la concentración y la calidad del RNA

NANODROP

Control de Calidad del RNA

Control de la concentración y la calidad del RNA

ArrayBooster (Advalytix).

Hibridación de micrarrays

Proporcionados por el usuario (tamaño de portaobjectos estándar)

ScanArray 4000 y ScanArray  Gx Plus (Perkin Elmer)

Lectura de microarrays

Mediante un scanner dotado de dos láseres, y un software específico para la captación de datos (ScanArray)

(QuantArray
ScanExpress
GenePix)

Generación de datos

Se ofrece la posibilidad de generar los datos desde dos plataformas diferentes (QuantArray/ScanExpress i GenePix). El resultado consiste en una hoja Excel con los datos generados más los archivos gráficos correspondientes a la captura de las imágenes.

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