Secuenciación masiva

Secuenciación masiva

  • El SGB dispone del MiSeq de Illumina para llevar a cabo experimentos de secuenciación masiva. Esta tecnología se basa en la secuenciación por síntesis (en inglés sequencing by synthesis) de la muestra.
  • El MiSeq permite hacer lecturas de 50, 150, 250 y próximamente de hasta 300 pb. Puede producir hasta 30 millones de lecturas en pair-end (leer las dos cadenas del DNA), generando hasta 7 giga bases de secuencia.
  • Los kits asociados al MiSeq permiten secuenciar de novo o resecuenciar genomas pequeños, RNA y small RNA, metagenómica mediante secuenciación de 16S y ChIP-Seq, entre otros. En todos los casos, se debe preparar una librería de la muestra, proceso en el cual se incorporan adaptadores a los fragmentos de la librería para poder secuenciarlos.

EQUIPO

MiSeq

KIT

Dependen de la muestra a secuenciar

MUESTRAS

Hasta 96 muestras/run. Se pueden mezclar muestras de diferentes especies y que se haya preparado la librería mediante diferentes aplicaciones (p.e., de novo, small RNA y metagenómica de 16S), siempre que la longitud de la lectura sea la misma.

CAPACIDAD

Hasta 96 muestras secuenciando 250 (próximamente 300) bases de cada cadena para cada uno de los fragmentos de la librería de cada muestra. Esto permite obtener hasta 30 millones de lecturas y generar 7 Gb de secuencia.

RESULTADOS

 Se deben recoger en el SGB con un lápiz de memoria.

 

ACTIVIDAD

CONDICIONES

 

Preparación de la librería

El material a secuenciar debe estar disuelto en agua y en un tubo eppendorf de 1.5 ml.

 

Carga de la librería de una muestra en el cartridge

Consultar con el SGB.

 

Secuenciar trayendo un cartridge propio

Consultar con el SGB.

 

Campus d'excel·lència internacional U A B