El SAQ dispone de 4 espectrómetros de masas:
- ICP-MS: espectrómetro de masas de plasma acoplado inductivamente 7500ce, Agilent Technologies.
- GC-MS: cromatógrafo de gases 6890, Agilent Technologies, espectrómetro de masas 5973, Hewlett-Packard.
- LC-MS: cromatógrafo líquido 1100, Agilent Technologies, espectrómetro de masas de trampa de iones Amazon, Bruker Daltonics.
- LC-MS: cromatógrafo líquido 1200RR, Agilent Technologies, espectrómetro de masas de cuadrupolo - tiempo de vuelo (QTOF) microTOF-Q, Bruker Daltoniks.