La citometria de flux és una tecnologia molt potent que permet l’anàlisi multiparamètric i simultani de milers de cèl·lules o partícules per segon dintre d’una població heterogènia. Els citòmetres de flux acompleixen això mitjançant l’ús d’anticossos o sondes fluorescents que reconeixen molècules del citoplasma o de la membrana de les cèl·lules. Utilitzant una combinació de diferents fluorocroms units a diferents sondes podem identificar les cèl·lules amb qualsevol configuració molecular donada. Les principals aplicacions inclouen: la immunocaracterització, l’anàlisi del cicle cel·lular, l’expressió gènica, la quantificació de citocines, l’eficiència de transfecció (GFP, RFP…), la viabilitat cel·lular i l'apoptosi, entre moltes altres. A més, una versió més avançada dels citòmetres de flux, els separadors cel·lulars, permeten la separació física d’alta puresa de les poblacions identificades.​

La Unitat de Citometria de l’SCAC està equipada amb dos citòmetres de flux analitzadors (BD FACSCanto i BD FACSCalibur) i un separador cel·lular (BD FACSJazz) instal·lat dins d'una cabina de seguretat biològica per realitzar separacions de nivell 2 de bioseguretat. A més dóna suport científic-tècnic per portar a terme aquesta tecnologia, dissenyar i analitzar experiments  i optimitzar i desenvolupar noves aplicacions. També ofereix entrenament als investigadors que vulguin utilitzar l’equipament de la unitat en règim d’autoservei.

La UC ofereix la citometria de flux com a una eina única per a la recerca en l’àmbit de la biologia cel·lular i molecular, la immunologia, la microbiologia i la nanotecnologia, entre d'altres. La Unitat de Citometria està a disposició dels investigadors de la UAB, així com de les entitats públiques o privades alienes a la UAB que ho sol·licitin.

Certificat de la Generalitat com a instal·lació acreditada per treballar amb organismes genèticament modificats de nivell 2 de bioseguretat.